Bununla birlikte AİHM, ulusal mahkemelerin üzerinde yer alan bir temyiz veya istinaf mercii değildir. Mahkemenin temel işlevi, taraf devletlerin Sözleşme'den doğan yükümlülüklerine uyup uymadığını denetlemektir.
Bu nedenle AİHM'e başvuru sürecinin en önemli özelliklerinden biri, başvurucunun öncelikle iç hukuk yollarını tüketmiş olmasıdır. AİHS m. 35 uyarınca Mahkeme, kural olarak ancak iç hukuk yollarının tüketilmesinden sonra yapılan başvuruları inceleyebilir. AİHM'in güncel kabul edilebilirlik rehberinde de iç hukuk yollarının tüketilmesi ilkesinin, ulusal makamların ileri sürülen ihlali önleme veya giderme imkânına sahip olmasını sağlamak amacı taşıdığı belirtilmektedir.
Bu sistemin doğal sonucu olarak AİHM başvurusu ile AİHM kararı sonrasında gündeme gelen yeniden yargılama kurumu birbirinden ayrılmalıdır. İlkinde amaç, uluslararası düzeyde ihlal tespitinin sağlanması iken; ikincisinde amaç, tespit edilen ihlalin ulusal hukuk düzeninde ve somut başvurucu bakımından giderilmesidir.
Sonuç olarak AİHM başvurusu, yalnızca uluslararası düzeyde bir ihlal tespiti elde etme aracı olarak değil; gerekli koşulların oluşması halinde, ulusal hukukta ihlalin sonuçlarının ortadan kaldırılmasına yönelik bir sürecin başlangıcı olarak da değerlendirilmelidir. Özellikle ceza yargılamalarında AİHM kararının gerekçesi ile CMK m. 311 hükmü arasındaki bağlantının doğru kurulması, yeniden yargılama talebinin başarı şansını doğrudan etkileyen en önemli hukuki unsurlardan biridir.